Nachdem Roger Wilco im vorherigen Spiel durch die Zeit hin und her gereist ist, ist er zurück in der Starfleet Academy und dient sowohl als Kadett als auch als Hausmeister. Roger schummelt bei den Prüfungen des Starfleet-Tests und erhält endlich den Rang eines Kapitäns, sein eigenes Schiff und eine Mission: seltsame neue Welten zu erkunden, neues Leben und neue Zivilisationen zu suchen.